Así, se postean los tres mejores juegos, según criterio de cada consola.

NES:
1ºCaptain Tsubasa 2
2ºSaint Seiya 2
3ºMario... ese el del mapache =p

SNES:
1ºChrono Trigger
2ºSuper Robot Taisen 4
3ºRomancing SaGa 3

64:
1ºSuper Smash Bros.
2ºZelda: Ocarina of Time
3ºOgre Battle 64

PSX:
1ºChrono Cross
2ºFinal Fantasy 7
3ºSuper Robot Taien Alpha

GBA:
1ºFinal Fantasy Tactics Advance
2ºMegaman Zero (el 1)
3ºMario & Luigi Superstar Saga

...no jugué más consolas =p

Algunos los cambiaria por titulos que no sabría decirte a estas horas pero si estan muy buenos

PS2:
RESIDENT EVIL 4
METAL GEAR SOLID 3
GOD OF WAR

PS2

Shadow of the colossus
MGS 3
Dragon Quest 8

Xbox 360

Oblivion
Gears of War
Splinter cell double agent

Aqui va mi lista:

Nintendo:
- Super Mario Bros 3
- Mega Man 3
- Wolverine

Super Nintendo:
- Super Metroid
- Super Punch-Out!
- Super Street Fighter 2

Sega Genesis:
- Sonic The Hedgehog 3
- Weapon Lord
- Street of Rage 3

Nintendo 64:
- The Legend of Zelda: Ocarina of Time
- Turok 2: Seeds of Evil
- Resident Evil 2

Game Boy Advance:
- Fire Emblem
- Mega Man Zero 1
- Metroid Zero Mission

Nintendo GameCube:
- The Legend of Zelda: Twilight Princess
- Super Smash Bros Melee
- Resident Evil 4

Xbox:
- Ninja Gaiden
- Dead or Alive 2 Ultimate
- Guilty Gear X2 Reload

Saludos (OK)

NES:

Zelda 1
Super Mario 3
Megaman 2

Sega Genesis

Sonic 3
Golden Axe
Ecco the Dolphin

SNES

FF3
Chrono Trigger
Kirby Super Star

PS1

FF VII
MGS 1
FF IX

N64

Zelda OoT
Donkey Kong 64
Super Mario 64/Paper Mario/Banjo Tooei ( no pude decidirme claramente :S )

Neo Geo Pocket Color

KoF R2
Samurai Shodown 2
Tennis

GameGear

Streets of Rage
Sonic the Hedgehog
Power Rangers..errr no recuerdo el nombre exacto, todos son buenos

GBC

Zelda Links Awekening
Wario Land 3
MGS Babel Project

GBA

FF Tactics Advance
GoldenSun 2
Zelda Minish Cap/Megaman Zero 1

Dreamcast

Skies of Arcadia
Sonic Adventure 2
Jojos Bizarre Adventure

PS2

FF XII
MGS 2/3/ God of War
Okami

Gamecube

Zelda TP
Tales of Symphonia
Metroid Prime

NDS

Castlevania Dawn of Sorrow
Phoenix Wright Ace Attorney
Hotel Dusk: Room 215